就在这时，潜艇突然剧烈摇晃。

警报声响起，屏幕上显示有不明物体正在靠近。

工藤新一透过观察窗望去，只见数十艘印着组织乌鸦标志的潜艇破水而来，发射的鱼雷在海水中划出致命的轨迹。

“他们来了。”赤井务武迅速操作控制台，潜艇开始下潜。

赤井务武调出琴酒的基因图谱，“琴酒将自毁程序密钥藏在你我体内，现在是时候启动了。但在此之前，你必须知道全部真相。”

老荷官按下某个按钮，舱室的墙壁上浮现出一段尘封的记忆。

画面里，年轻的宫野艾莲娜正在实验室里忙碌，她的面前放着两个培养皿，分别装着工藤新一和琴酒的基因样本。

“乌丸莲耶的计划比我们想象的更可怕。”赤井务武的声音传来，“他不仅要穿越时空，还要改写历史。而阻止他的关键，就在你和琴酒的羁绊之中。”

潜艇下潜到更深的海域，四周的水压让舱体发出不堪重负的呻／吟。

工藤新一感觉后颈的纹路与琴酒的戒指产生共鸣，某种神秘的力量正在觉醒。

他想起琴酒在海底基地说的话：“用你的时空粒子，和我的基因共鸣。”

“我该怎么做？”少年侦探握紧拳头，目光坚定。赤井务武将一枚芯片插入控制台：“将你的时空粒子与潜艇的核心系统连接，再用琴酒的基因密钥启动自毁程序。但这样做，你可能永远无法回到原来的时空。”

工藤新一没有丝毫犹豫，将戒指嵌入启动键。蓝色的光芒瞬间笼罩整个舱室，他的意识被拉入数据流的海洋。

在那里，他看到了无数个平行时空的自己和琴酒，有的并肩作战，有的刀剑相向，而所有的时间线，都指向一个共同的终点。

“新一！”琴酒的声音突然在意识中响起。工藤新一转头，看到黑衣男人站在数据流的尽头，身上的伤口还在渗血，灰眸中却带着从未有过的温柔，“别害怕，这不是结束。”他伸出手，无数记忆碎片从他掌心飞出，与工藤新一的时空粒子融合。

现实中，潜艇的自毁程序开始启动。

赤井务武将最后一份加密文件塞进工藤新一手中：“这是乌丸莲耶的全部罪证。带着它离开，找到真正的宫野志保。”老荷官启动了逃生舱，将工藤新一推进去。

“那你呢？”少年侦探在舱门关闭前大喊。赤井务武露出释然的微笑，举起手中的怀表，表盘上的鸢尾花与潜艇的自毁装置同步闪烁：“我和琴酒的父亲，终于可以完成二十年前未竟的事业了。”

逃生舱弹出的瞬间，工藤新一看到潜艇在海底爆炸，巨大的能量冲击波将追兵尽数吞噬。

工藤新一握紧手中的加密文件，后颈的时空粒子与远方的琴酒再次产生共鸣。在意识的深处，琴酒的声音轻轻响起：“后会有期，名侦探。我们的故事，才刚刚开始。”

当逃生舱浮出海面时，工藤新一望着初升的朝阳，心中已经有了新的计划。

他知道，这场与时间和命运的较量远未结束，而他和琴酒，终将在某个时空的节点再次相遇，共同揭开黑衣组织最深处的秘密……